菏泽学院的前身是创建于1949年的冀鲁豫区第二师范学校，历史上曾更名为平原省立菏泽师范学校、山东省菏泽第一师范学校、菏泽师范专科学校。2002年，菏泽师范专科学校、菏泽教育学院、菏泽广播电视大学3所学校合并，同时并入菏泽师范学校、菏泽农业学校，筹建菏泽学院。2004年，教育部正式批准更名为菏泽学院。2011年，单县幼儿师范学校、郓城幼儿师范学校并入菏泽学院。2017年，学校成为省级硕士培育建设单位。截至2023年6月，学校设有21个教学单位，开设66个本科专业，学科专业涉及文学、历史学、经济学、法学、理学、工学、农学、教育学、管理学、艺术学十大学科门类。截至2023年6月，学校有在职教职工1696人，其中专任教师1211人，具有硕士学位教师733人、博士学位教师335人，高级职称教师近500人。拥有国务院特殊津贴专家、教育部高等学校教学指导委员会委员、国培计划专家6人，省突出贡献专家、省本科教育教学指导委员会委员、山东省教学名师等9人，获批省高等学校“人才引育计划”团队、“青创科技计划”团队、青创人才引育计划建设团队、“黄大年式”教师团队等4个，聘用“泰山学者”特聘专家等高水平专家15人。常年聘用高水平大学教师和地方高水平人才200余人担任兼职教师，拥有“双师型”教师707人。

菏泽学院历任校长（院长）：
田德全1996.6-2000.6任菏泽师范专科学校校长。
刘丛连2000.6-2004.9任菏泽师范专科学校校长。
郁章玉2004.9-2014.1任菏泽学院院长。
王焕良2014.1-2015.6任菏泽学院院长。
姜同松2015.6-2022.8任菏泽学院院长。
孙建昌2022.10至今任菏泽学院院长。